Ojciec Pio posiadał zdolność bilokacji, czyli przebywania równocześnie w różnych dwóch miejscach; świadkowie mówili też, że potrafił przenikać przez zamknięte drzwi.

Dokumenty potwierdzają, że odkąd Ojciec Pio w 1917 roku zamieszkał w klasztorze Matki Bożej Łaskawej w San Giovanni Rotondo, praktycznie nigdy go nie opuścił. Widziano gojednakże w trakcie procesu kanonizacyjnego świętej Teresy od Dzieciątka Jezus w bazylice Świętego Piotra w Rzymie.

Przykłady:
Pewnego dnia Ojciec Pio stał zapatrzony w dal. Podpierał się na parapecie okna swej celi. Nagle pobladł i zastygł, głęboko czymś pochłonięty. Następnie uniósł prawą rękę i wykonał gest, jakby kogoś błogosławił. Po jakimś czasie dowiedziano się, że w tym samym momencie, setki kilometrów dalej, Ojciec Pio ukazał się młodemu i bliskiemu śmierci człowiekowi przebywającemu w pewnej klinice. Młodzieniec odmówił przyjęcia sakramentu namaszczenia chorych. Jego siostra w myślach zwróciła się do Ojca Pio, prosząc go, aby zachęcił jej brata do spowiedzi. Potem podeszła do brata i próbowała go namówić, żeby zgodził się na sakrament pokuty. Wtedy młody człowiek odpowiedział: „Już wyznałem moje grzechy kapucynowi o siwej brodzie, który do mnie przyszedł”. Siostra zrozumiała doskonale, co się wydarzyło. Nikt nie wchodził do sali, w której leżał chłopak. Owym kapucynem mógł być tylko Ojciec Pio.

W czasie II wojny światowej pewien generał Północnoamerykańskich Sił Powietrznych dowodził w południowych Włoszech dywizjonem lotników. Mieli oni za zadanie zniszczyć niemiecki magazyn z amunicją w San Giovanni Rotondo. – Kiedy samoloty zbliżyły się do celu – opowiadał generał – moi podwładni i ja dostrzegliśmy na niebie mnicha z uniesionymi ramionami. Bomby spadły w lesie, gdyż samoloty zmieniły kurs. Wszyscy zadawaliśmy sobie pytanie, kim był mnich, którego posłuchały samoloty. Ktoś powiedział generałowi, że w San Giovanni Rotondo mieszka pewien kapucyn-cudotwórca i że to on jest prawdopodobnie „winnym” tamtego zdarzenia. Generał odpowiedział, że jak tylko skończy się wojna, dowie się, kim jest ów człowiek. Po wojnie generał, razem z kilkoma pilotami, udał się do klasztoru kapucynów. Pośród wielu mnichów, których spotkali w zakrystii, generał od razu rozpoznał tego, który zmienił kierunek lotu jego samolotów: był to Ojciec Pio. Ten podszedł do generała i powiedział: – A więc to pan chciał nas wszystkich zabić, czy tak? Generał, pod wrażeniem tych słów, ukląkł u stóp Ojca Pio. Gdy opuszczał klasztor, zdał sobie sprawę, że przecież mówił po angielsku, podczas gdy Ojciec Pio porozumiewał się w dialekcie neapolitańskim. W konsekwencji tego spotkania generał i jego przyjaciele, którzy byli protestantami, postanowili nawrócić się na jedyną prawdziwą wiarę w jedynego Boga: religię rzymskokatolicką.