Ojciec Pio powiedział kiedyś: „Świat mógłby istnieć bez słońca, lecz nie mógłby istnieć bez Mszy Świętej”. Msza Święta była sensem jego życia. Z wielkim zaangażowaniem celebrował każdą Najświętszą Ofiarę – przy małym bocznym ołtarzu, poświęconym świętemu Franciszkowi. Stanowiła centrum życia duchowego Ojca Pio. Kiedy ją odprawiał, ludzie obecni na niej często widzieli w nim podobieństwo do Chrystusa konającego w Ogrodzie Oliwnym – tak wielka była jego powaga, wewnętrzne przekonanie i cierpienie w tym momencie. Z jakąż żarliwością mówił: „Gdy jestem z Jezusem utajonym w Najświętszym Sakramencie, bardzo mocno bije moje serce. Czasem wydaje mi się, że moje serce wyskoczy mi z piersi. Będąc przy ołtarzu, odczuwam niekiedy, że ogarnia mnie ogień i wprost nie potrafię tego opisać. I wydaje mi się, że z determinacją idę do tego ognia”.
Bywało, że również po Mszy Świętej, gdy Ojciec Pio składał dziękczynienia w zakrystii, doświadczał mistycznych doznań.O tym, jaka była „Msza Ojca Pio”, mówią świadectwa wielu kapłanów, którzy wyznali, że dopiero w San Giovanni Rotondo zrozumieli, co naprawdę znaczy Najświętsza Ofiara. Święty kapucyn przeważnie odprawiał Mszę przez dwie, a nieraz przez trzy godziny w pełnym skupieniu. Nie było mowy o jakimś – tak modnym dziś – „urozmaicaniu” Eucharystii. Zawsze powtarzał, że „Ofiara Mszy, bardziej polega na czynieniu aktów (skruchy, wiary, miłości…) niż na intelektualnych refleksjach i rozważaniach”. Według niego, najlepszym sposobem uczestnictwa w Najświętszej Ofierze jest zjednoczenie się z Matką Bolesną u stóp Krzyża, w miłości i współczuciu. Podczas Mszy Świętej Ojciec Pio cierpiał wraz z Chrystusem. To nie było zwykłe sprawowanie obrzędu, lecz prawdziwa Ofiara. W momencie Przeistoczenia prawie zawsze płakał. Po reformie liturgicznej Pawła VI, Ojciec Pio zwrócił się z prośbą do Ojca Świętego, by ten pozwolił mu odprawiać Mszę w starym rycie. Papież taką zgodę wyraził.
