Krew z ran św. Ojca Pio była bardzo jasna i przez pięćdziesiąt lat wydzielała łagodny zapach. Również ciało Ojca Pio wydzielało przyjemny zapach. Przesycał on jego habit, celę, pomieszczenia, w których przebywał, miejsca, przez które przechodził, przedmioty, których dotykał, itd. Zapach ten wyczuwało się falami, jakby przynosił go wiatr. Ludzie, którzy go czuli, przypisywali mu przeróżne odcienie: jedni twierdzili, że chodzi o zapach róż, inni rozpoznawali zapach lilii, jeszcze inni fiołków. Był wyczuwalny nawet w miejscach odległych od tego, w którym znajdował się Ojciec Pio.
Oto świadectwo doktora Luigiego Romanellego, jednego z lekarzy, którzy badali Ojca Pio: „Za pierwszym razem, kiedy z nim rozmawiałem, w czerwcu 1919 roku, moją uwagę zwróciła woń, która emanowała z jego ciała. Powiedziałem wtedy do ojca Valenzano, który towarzyszył mi podczas wizyty, że nie wydaje mi się stosowne, aby franciszkański zakonnik, szczególnie uznawany za świętego, używał perfum”.
W latach pięćdziesiątych dziennikarka Fernanda Bianco pojechała do San Giovanni Rotondo, żeby przygotować reportaż o Ojcu Pio. Udała się tam celowo, wolna od wszelkich wyobrażeń, gdyż chciała dokonać niezależnej oceny. Pragnęła zobaczyć kapucyna na własne oczy, bez stawania w jednym szeregu ze sceptykami czy z największymi fanatykami. Swoją wizytę w klasztorze opisała w takich słowach: „Znajdowałam się w salonie hotelu i rozmawiałam z dwiema kobietami. Nie było tam nikogo innego. Rozmawiałyśmy o Ojcu Pio.
Nagle poczułam falę intensywnego, rozkosznego zapachu. W tym samym momencie, po drugiej stronie przeszklonych drzwi, w głębi salonu, dostrzegłam przechodzącego człowieka, którego znałam. Był to zawodowy kucharz. »A niech mnie! – pomyślałam – Ależ ten Charles się wypachnił! Aż tutaj czuć jego perfumy«. Zapytałam wtedy moje rozmówczynie, czy również zwróciły uwagę na ów zapach. Ku mojemu wielkiemu zdziwieniu odpowiedziały: »Niech cię to nie dziwi, to Ojciec Pio ci się ukazuje«. Mało przekonana, poszłam później poszukać Charlesa, aby wyjaśnić sprawę. Okazało się, że on nie pachniał absolutnie niczym. Uważa się, że zapach Ojca Pio wyczuwany na odległość jest znakiem opieki. Często jest on wyczuwany przed wyzdrowieniem lub otrzymaniem jakiejś specjalnej łaski. Odnalazłam dziesiątki osób, które to poświadczyły”.
