Pan Bóg obdarzył ojca Pio szczególnymi łaskami. Ekstazy i objawienia pojawiły się już w piątym roku jego życia.
Miesiąc po otrzymaniu święceń kapłańskich, podczas modlitwy Ojciec Pio ujrzał Jezusa wiszącego na krzyżu, który żalił się, że ludzie nie odwzajemniają Jego miłości, zwłaszcza ci specjalnie Jemu poświęceni. Zobaczył też Maryję. Potem poczuł silny ból i pieczenie w obu dłoniach, co dało początek naznaczenia ciała świętego z Pietrelciny stygmatami ran Zbawiciela.
Ojciec Pio często wpadał w stany mistyczne. Umówił się z ministrantem, który służył do Mszy Świętej, że za każdym razem, gdy przydarzy mu się mistyczne doznanie, chłopak zadzwoni dzwonkiem, aby Ojciec Pio mógł powrócić do przerwanego rytuału i go zakończyć. W przeciwnym razie mogłoby to trwać w nieskończoność.
