Pan Bóg obdarzył ojca Pio darami szczególnymi. Miesiąc po otrzymaniu święceń kapłańskich, podczas modlitwy Ojciec Pio ujrzał Jezusa i Maryję. W pewnym momenciepoczuł silny ból i pieczenie w obu dłoniach, a za chwilę zobaczył na nich rany Zbawiciela. Zaczął się gorąco modlić, by rany zniknęły. I tak się rzeczywiście stało. Równo rok później stygmaty znów się pojawiły. Ojciec Pio tak to opisywał: „W środku obu dłoni pojawiły się czerwone plamy wielkości centymetra. Towarzyszył temu silny i przenikliwy ból, dotkliwszy w lewej ręce. Ból odczuwam także pod stopami. (…) Serce, dłonie, stopy – jakby przeszyte szpadą – tak straszliwego doznaję bólu”. Padre Pio znów prosił Pana, by znaki zniknęły. I tak się stało, tzn. rany pozostały niewidzialne.

5 sierpnia 1918 roku (mając 32 lata) otrzymał łaskę transwerberacji, czyli niemożliwego do opisania duchowego cierpienia, zadanego przez – jak sam napisał – niebiańską osobę. Było to jednak tylko preludium do tego, co stało się miesiąc później. 20 września 1918 r., klęcząc przed wizerunkiem Ukrzyżowanego w kościele Matki Bożej Łaskawej w San Giovanni Rotondo, już na stałe otrzymał stygmaty – pięć ran Chrystusowych. Znaki męki Chrystusa nosił przez całe życie. Dopiero tuż przed śmiercią rany zaczęły się goić, a zdjęcia zrobione tuż po skonaniu ukazały gładką skórę w miejscach, z których przez pół wieku sączyła się krew.

Nie był to jednak dla niego powód do chwały czy dumy. Przez pewien czas nawet ukrywał je przed współbraćmi. Potem, kiedy kazano mu mówić o tych nadzwyczajnych darach, czuł ogromną odrazę i palący wstyd. Na co dzień „rany Miłości” stawały się dla niego darem, przez który doznawał wiele cierpień, nie tylko fizycznych.
Cierpiąc jestem zadowolony bardziej niż kiedykolwiek, i gdybym słuchał głosu serca, prosiłbym Jezusa, by dał mi wszystkie smutki ludzi; nie czynię tego jednak, ponieważ byłoby zbyt wielkim egoizmem prosić o najlepszą cząstkę: o cierpienie. W cierpieniu bowiem Jezus jest najbliżej nas, patrzy na nas; to On przychodzi żebrać o cierpienie i łzy… potrzebuje ich dla innych dusz. 

Nie tylko za życia ojca Pio, ale także dziś znajdują się ludzie, którzy twierdzą, że ojciec Pio był oszustem, że sam sobie powodował rany. Tymczasem stygmaty ojca Pio były wiele razy badane przez różnych specjalistów, którzy potwierdzili ich prawdziwość.

Aby nie powodować niepotrzebnej sensacji, kapucyn z Pietrelciny ukrywał stygmaty przed ludźmi zakładając rękawiczki, a w rozmowach z Bogiem prosił, by zabrał mu ten krwawiący podarunek. Czynił tak nie dlatego, że bał się cierpienia, ale dlatego, że jego wiara była zwyczajna i nie potrzebował nadzwyczajnych znaków.
Przełożeni ojca Pio starali się o to, aby ludzie nie dowiedzieli się o tych szczególnych znakach miłości Bożej względem niego. Wieść o nich jednak rozchodziła się i wierni coraz liczniej zaczęli przybywać do klasztoru w San Giovanni Rotondo, gdzie posługiwał ojciec Pio.