W 1959 roku Ojciec Pio przewidział wybór na papieża Pawła VI, co spełniło się już cztery lata później. Jest także autorem przepowiedni dotyczących Soboru Watykańskiego II oraz okresu posoborowego w historii Kościoła. Przepowiedział także kryzys gospodarczy na świecie i nadejście okresu takiego głodu i takiej biedy, że banknoty będą rzucane na ulice i rozwiewane przez wiatr, gdyż nie będzie można nic za nie kupić. Przewidział, że działanie diabła będzie szczególnie natężone, przebiegłe i skuteczne w najbliższej przyszłości.
W roku 1947 Karol Wojtyła, młody polski ksiądz, odwiedził Ojca Pio i wyspowiadał się u niego. Ojciec Pio miał powiedzieć mu wówczas, że któregoś dnia zasiądzie na „najwyższym stanowisku w Kościele”. Proroctwo to spełniło się, gdy 16 października 1978 roku arcybiskup krakowski kardynał Karol Józef Wojtyła został wybrany papieżem i przybrał imię Jana Pawła II.
