Gdybyśmy chcieli napisać o wszystkich cudach dokonanych za wstawiennictwem Ojca Pio, zapełnilibyśmy kartki wielu obszernych ksiąg. Oto zaledwie kilka przykładów:
Dziewczynka Gemma Di Giorgi, która urodziła się niewidoma nie posiadała źrenic!),zaczęła widzieć i to w dniu swojej pierwszej Komunii Świętej, udzielanej przez Padre Pio (18 czerwca 1947 roku). Lekarze nie dawali żadnej nadziei, by kiedykolwiek mogła oglądać świat. A jednak! Dziewczynkę zaprowadzono do słynnego okulisty, który musiał przyznać – choć z medycznego punktu widzenia było to nieprawdopodobne, bo oczom dziewczynki nadal brakowało źrenic – że dziecko rzeczywiście widzi! Dla Boga nie ma nic niemożliwego…
W roku 1962 biskup Karol Wojtyła napisał list do Ojca Pio, prosząc go, by pomodlił się o uzdrowienie swej przyjaciółki Wandy Półtawskiej, która chorowała na raka. W krótkim czasie rak ustąpił. Pracownicy służby zdrowia nie byli w stanie wyjaśnić nagłego uleczenia.
Wanda Półtawska w maju 1967 r. była we Włoszech i zdecydowała się pojechać do niezwykłego kapucyna. Dojechała wieczorem, przed kościołem było pełno ludzi, gdyż Ojciec Pio odprawiał Mszę św. Oto, co zapamiętała: „Stareńki, chodził już z trudem, podprowadzony do ołtarza… Msza św., celebrowana przez Ojca Pio, promieniowała szczególną treścią. W kościele, mimo tłumu, panowała niezwykła u Włochów cisza… A po Mszy św. Ojciec Pio z trudem, powolutku skierował się ku zakrystii. Szedł koło nas i na chwilę zatrzymał się, powiódł wzrokiem po ludziach i zatrzymał go na mnie – podszedł bliżej, pogłaskał mnie po głowie i spojrzał… I właśnie to spojrzenie, którego opisać nie potrafię, sprawiło, że już wiedziałam; wiedziałam, że wtedy, w 1962 r., to nie był przypadek. „Adesso va bene (Teraz jest w porządku)” – powiedział, uśmiechnął się i poszedł dalej. A ja nie powiedziałam słowa i nie mogłam się ruszyć. Klęczałam bez ruchu, aż w kościele się rozluźniło… Po drodze kobiety nie dały mi przejść, dotykały mnie, mojej głowy, pytały: „Co pani zrobiła, że Ojciec Pio do niej podszedł?” Co zrobiłam? A ja właśnie nic nie zrobiłam…”
Ostre zapalenie opon mózgowych doprowadziło 8-letniego Mateusza niemal do utraty życia. Lekarze z Domu Ulgi w Cierpieniu w San Giovanni Rotondo dawali mu bardzo mało nadziei. Wielkie cierpienia, nieustanne podawanie kortyzonu w olbrzymich dawkach, którym łagodzono cierpienie, ale go nie leczono. W jego intencji dziesiątki lekarzy, pielęgniarek i pielęgniarzy gromadziło się na modlitwie – opowiada Carmine Stallone, ordynator oddziału neurologicznego, świadek tamtych dni. Pięć miesięcy później dokonało się cudowne uzdrowienie jako potwierdzenie świętości bł. Ojca Pio i zatwierdzonego procesu diecezjalnego, który był ostatnim etapem przed rozpoczęciem procesu kanonizacyjnego.
Sześciomiesięczne niemowlę było w beznadziejnym stanie. Jego matka postanowiła zawieźć je do Ojca Pio: owinęła w kilka pieluszek i włożyła je… do walizki. Podróż była długa i istniało prawdopodobieństwo, że dziecko umrze w drodze. Ale wiara matki nie zachwiała się. W San Giovanni Rotondo pobiegła do kościoła i stanęła w kolejce do spowiedzi. Gdy nadeszła jej kolej, upadła na kolana przed Ojcem Pio i otwarła walizkę. W kościele był lekarz, który stwierdził, że jeśli dziecko nie umarłoby podczas podróży od swej choroby, to udusiłoby się w walizce. Na widok małego dziecka Ojciec Pio głęboko się wzruszył. Wzniósł oczy ku niebu i zaczął się modlić, potem powiedział do zalanej łzami matki, której płacz słychać było w całym kościele: „Dlaczego krzyczysz tak głośno? Czy nie widzisz, że twój syn śpi?” Dziecko istotnie spokojnie spało.